Η επεμβατική θεραπεία είναι το πιο σημαντικό μέρος της θεραπείας και περιλαμβάνει την υστεροσκόπης και την λαπαροσκοπική ή ρομποτική χειρουργική αφαίρεση της Ενδομητρίωσης. Οι ελάχιστα επεμβατικές μέθοδοι είναι χειρουργικές θεραπείες εκλογής καθώς μέσω μικρών οπών στο δέρμα της κοιλιακής χώρας μπορεί να επιτευχθεί η πλήρης αφαίρεση της νόσου, προκαλώντας ελάχιστο μετεγχειρητικό πόνο, ταχεία ανάρρωση και επιστροφή στην καθημερινότητα και βέλτιστο αισθητικό αποτέλεσμα. Τα ανοιχτά χειρουργεία έχουν εγκαταληφθεί σχεδόν εντελώς.
Τα χειρουργεία της Ενδομητρίωσης και ιδιαίτερα της βαθιάς διηθητικής Ενδομητρίωσης αποτελούν κατά κοινή ομολογία τα πιο απαιτητικά χειρουργεία στη Γυναικολογία και για αυτό απαιτείται εξειδίκευση. Ο Γυναικολόγος πρέπει να είναι εξοικειωμένος με τους χώρους της οπισθοπεριτοναικής κοιλότητας και την ανατομία της πυέλου ώστε να μπορεί να προσπελάσει αυτές τις δομές, να αναγνωρίσει τις παθολογικές εστίες και να τις αφαιρέσει χωρίς να τραυματίσει τα υποκείμενα νεύρα και αγγεία της περιοχής. Μάλιστα έρευνες έχουν δείξει ότι αυτά τα χειρουργεία όταν γίνονται από εξειδικευμένους στην Ενδομητρίωση Γυναικολόγους τότε οι ασθενείς έχουν το μέγιστο δυνατό όφελος με αποτέλεσμα την βελτίωση των συμπτωμάτων, της γονιμότητας αλλά και την αποφυγή περισσότερων χειρουργείων μελλοντικά λόγω ενδομητρίωσης.